منذ نشأة وحدة حفر الآبار، بدأت الوحدة في تنفيذ دراسات استكشاف خزانات المياه الجوفية عبر برامج حفر دقيقة بالمناطق الصحراوية، كما دعمت خطط التنمية عبر إعداد التقارير الفنية للمشروعات القومية.

خلال عام 1987 تم تنفيذ مشروع (MGPAP) بالتعاون مع الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية، بهدف رفع كفاءة عمليات الاستكشاف وحفر الآبار الاختبارية والإنتاجية حتى أعماق كبيرة، إلى جانب تقييم إمكانات الخزانات الجوفية في المواقع المستهدفة.

وتواصل الوحدة اليوم أعمالها من خلال فرق بحثية متعددة التخصصات، تربط بين الدراسات الحقلية والتحليل المعملي للوصول إلى حلول عملية قابلة للتطبيق على أرض الواقع وتخدم المزارعين والمستثمرين في المناطق الجديدة.

كما يعمل المركز على تدريب كوادر فنية شابة على أحدث تقنيات الحفر والقياسات الجيوفيزيائية، بما يضمن استدامة الأداء ورفع جودة البيانات المستخدمة في إعداد خطط إدارة الموارد المائية على المدى الطويل.